Theo niên giám tòa thánh năm 2003 thì ông đắc cử Giáo hoàng vào ngày 10 tháng 4 năm 1045.

Tháng 9 năm 1044, một cuộc nổi dậy chống dòng họ Tusculanô do dòng họ Stêphanô điều khiển cưỡng bức ông phải trốn khỏi Rôma và đưa lên Sylvester III. Benedictus IX đã phản ứng lại bằng một vạ tuyệt thông tức khắc. Ba tháng sau, ông thành công chiếm lại Rôma và lại lên ngôi Giáo hoàng lần thứ hai vào ngày 10 tháng 3.

Ông buộc phải từ chức chỉ sau 20 ngày và triều đại lần hai của ông kết thúc vào ngày 1 tháng 5 năm 1045. Ông đã đổi chức Giáo hoàng cho Gioan Gratianô (tức Gregory VI) - là chú ông, để lấy một khoản tiền lớn với lý do bồi thường thiệt hại cho dòng họ Tusculanô. Theo một nguồn khác thì Benedict IX đã từ chức để theo đuổi cuộc kết hôn, đã bán chức vụ của ông ta đổi lấy 1500 Pao vàng.[1]

Benedictus IX rút lui về trên đất gia đình và không còn xuất hiện trước công chúng nữa.